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jQuery
$(function () {
// キーワード
var arr = [ '吾輩', '猫' ];
var str;
$.each(arr, function(i) {
// ハイライト
// フラグ g で全体検索
str = $('#story').html().replace(new RegExp(arr[i], 'g'), '<mark>' + arr[i] + '</mark>');
$('#story').html(str);
});
// キーワードが1つの場合
// var str = $('#story').html().replace(/(猫)/g, '<mark>$1</mark>');
// $('#story').html(str);
});
HTML
<div id="story">
<p>吾輩は猫である。名前はまだ無い。
(略)
吾輩は藁の上から急に笹原の中へ棄てられたのである。</p>
</div>
サンプル